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Die klassischen Gebiete der Naturwissenschaften - Physik, Chemie und Biologie - sowie die Mathematik sind Gegenstand der Forschung und Lehre an den vier Instituten der Fakultät. Insbesondere mit den Studiengängen zur Atmosphärenphysik und physikalischer Ozeanographie verfügt die Fakultät derzeit über ein bundesweites Alleinstellungsmerkmal. Zu den forschungsstarken Bereichen der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät zählen insbesondere die Umwelt- und Meeres-Chemie sowie -analytik, Analytische und numerische Behandlung partieller Differentialgleichungen, Optik- und Laserphysik sowie Atmosphärenphysik und physikalische Ozeanographie.
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